Come per la maggior parte delle malattie virali anche per il Vaiolo non è mai stato disponibile un trattamento specifico con antibiotici, e l'unica strategia terapeutica è sempre stata la prevenzione della malattia attraverso la vaccinazione. La storia del vaccino anti-vaioloso rappresenta la storia stessa dei vaccini. Per la prima volta nella storia della Medicina, nel 1796,  il medico inglese Edward Jenner inoculò in un soggetto sano del materiale purulento proveniente da pustole di Vaiolo per ottenere una protezione attiva verso il virus. Jenner infatti si era accorto che le donne addette alla mungitura, che frequentemente contraevano il vaiolo bovino, forma non grave per l'uomo, difficilmente venivano colpite dalla forma umana del Vaiolo. Per dimostrare la sua teoria, Jenner provò a inoculare in un bambino di otto anni il siero proveniente da pustole di vaiolo e successivamente lo infettò con il vaiolo umano, verificandone l’immunità. Si è trattato di un evento di enorme portata nella Storia della Medicina, e cioè del primo caso documentato di prevenzione attiva di una malattia.  Dal nome del virus bovino che Jenner utilizzò, Vaiolo Vaccino, derivò il termine vaccinazione. Ad onor del vero va comunque sottolineato che già in precedenza erano stati fatti altri tentativi analoghi di prevenzione del Vaiolo. Già nel tardo ’600 infatti, Lady Montagu, moglie dell’ambasciatore inglese a Costantinopoli, aveva promosso anche in Inghilterra la pratica della vaiolizzazione, secondo un’usanza già diffusa in oriente. La stessa pratica era stata introdotta anche in Italia dai medici greci e sostenuta da papa Benedetto XIV che cercò di diffonderla nello Stato Pontificio. La vaiolizzazione consisteva nell’iniettare una certa quantità di pus prelevato da un malato in via di guarigione, in un soggetto sano provocando il vaiolo. Spesso però questa pratica era letale. La scoperta di Jenner risolse il problema, anche se fu avversata dagli ambienti ecclesiastici e conservatori perché considerata un insulto al creatore, data la commistione tra animale e uomo. Con il prevalere delle idee libertarie, negli anni successivi alla rivoluzione francese, la vaccinazione divenne una pratica generalizzata. In Italia, fu Luigi Sacco a diffondere, dal 1799, la vaccinazione nella Repubblica Cisalpina, riducendo drasticamente la mortalità da Vaiolo. Il vaccino antivaioloso è tuttora composto da un virus simile a quello del Vaiolo, il Virus Vaccino di origine bovina. Il vaccino contiene il virus vivo e per questo la vaccinazione dev’essere effettuata con molta cautela per evitare una diffusione del virus a zone del corpo lontane dal punto di inoculo. Inoltre, il vaccino ha molti effetti collaterali. La vaccinazione antivaiolosa garantisce una elevata immunità contro il vaiolo per 3-5 anni, dopodiché il livello di protezione decresce. Se una persona è nuovamente vaccinata, l'immunità dura più a lungo. Storicamente, il vaccino si è provato efficace nel prevenire l'infezione da vaiolo nel 95% delle persone vaccinate. Si è dimostrato efficiente anche a contatto già avvenuto, purché somministrato entro pochi giorni dall'esposizione al virus. La vaccinazione veniva effettuata con un ago particolare, che inoculava sotto la pelle diverse dosi di virus, causando una piccola escoriazione. Se la vaccinazione aveva successo nel giro di 3 o 4 giorni si formava una piccola ferita rossa e irritata che sarebbe diventata una vescica, si sarebbe riempita di pus, e quindi avrebbe cominciato a seccarsi. Nella terza settimana dopo la vaccinazione, la crosticina si sarebbe seccata e sarebbe caduta, lasciando una cicatrice permanente, abbastanza vistosa.